La scoperta dell'arcipelago è segnata da molte controversie. Venne avvistato da diverse spedizioni negli anni 1501, 1502 e 1503 e gli venne attribuito il nome di Ilha da Quaresma (Isola della Quaresima). Ma il visconte di Santarém ne attribuì la scoperta a Gaspar de Lemos, capitano della nave appoggio della flotta di Pedro Álvares Cabral, rimandato in Portogallo con la notizia della scoperta del Brasile. Gli storici moderni, comunque, accreditano della scoperta dell'arcipelago la spedizione del 1501 - 1502 condotta dall'esploratore portoghese Fernão de Noronha, cui infatti è intitolato. Il primo a descrivere l'arcipelago di Fernando de Noronha fu il navigatore fiorentino Amerigo Vespucci, nel 1503.
Molto tribolata fu anche la storia dell'arcipelago: nel 1534 le isole vennero invase dall'esercito inglese, mentre fra il 1556 e il 1612 fu un possedimento francese. Nel 1628 venne occupato dagli olandesi, sconfitti due anni più tardi da una spedizione militare congiunta spagnolo-portoghese, agli ordini di Rui Calaza Borges.
Gli olandesi occuparono nuovamente le isole nel 1635 per impiantarvi un ospedale per le proprie truppe che avevano occupato la costa nord-orientale del Brasile. L'arcipelago venne ribattezzato Pavonia, in onore di Michiel de Pauw, uno dei direttori della Compagnia Olandese delle Indie Occidentali. Dopo altri 20 anni vennero riconquistate dai portoghesi.
Nel 1736, trovando l'arcipelago disabitato e completamente abbandonato, la Compagnia Francese delle Indie Orientali lo occupò e lo ribattezzò Isle Dauphine. Solo nel 1737, con l'espulsione dei francesi, le isole vennero definitivamente occupate dal Portogallo, che decise di fortificarle. Per questo scopo vennero costruite 10 fortezze nei punti strategici dell'arcipelago, dove era prevedibile che sarebbe avvenuto un eventuale sbarco di invasori: 9 furono edificate sull'isola principale e una sull'Ilha de São José. Le fortezze vennero interconnesse da strade in pietra.
Nel 1770 venne fondato il primo insediamento permanente, Vila dos Remédios. Il villaggio era diviso in due parti: nella metà superiore si trovavano gli edifici amministrativi, mentre nella metà inferiore era la chiesa con gli altri edifici a carattere religioso.
Con l'indipendenza del Brasile dal Portogallo, ottenuta nel 1822, le cose per l'arcipelago non cambiarono un gran che. Agli inizi del XX secolo gli inglesi fornirono cooperazione tecnica per i collegamenti telegrafici. Più tardi il loro posto venne preso dai francesi e dagli italiani dell'Italcable.
Nel 1942, durante la seconda guerra mondiale, l'arcipelago divenne un territorio federale che comprendeva anche l'Atol das Rocas e l'Arquipélago de São Pedro e São Paulo, e i prigionieri ordinari e politici vennero mandati nella locale prigione. Nel 1988 il 70% dell'arcipelago venne dichiarato parco nazionale marittimo, per preservare ciò che restava dell'ambiente terrestre e marino.
Il 5 ottobre 1988 il territorio federale venne dissolto ed aggiunto allo stato di Pernambuco (eccezion fatta per l'Atollo Rocas, aggiunto allo stato del Rio Grande do Norte).
Oggi l'economia di Fernando de Noronha dipende dal turismo, regolamentato per la delicatezza del suo ecosistema. Nel 2001 l'arcipelago è stato inserito nell'elenco dei Patrimoni dell'umanità dell'UNESCO, insieme all'Atollo Rocas.
http://www.skyscraperlife.com/brazil/18386-fernando-de-noronha.html
